Налоговой проверкой является проверка, осуществляемая налоговым органом, исполнения норм налогового законодательства Республики Казахстан, а также иного законодательства Республики Казахстан, контроль за исполнением, которого возложен на налоговые органы, за исключением исполнения налогового обязательства по плате за эмиссии в окружающую среду (кроме налогового обязательства по плате за эмиссии в окружающую среду за выбросы загрязняющих веществ от передвижных источников).

Налоговые проверки осуществляются исключительно налоговыми органами.

Налоговые проверки осуществляются в форме:

• комплексной, 

• тематической, 

• встречной проверки, 

• хронометражного обследования. 

Налоговые проверки подразделяются на следующие виды:

• периодические налоговые проверки на основе оценки степени риска;
• внеплановые налоговые проверки.

Периодическими налоговыми проверками на основе оценки степени риска являются проверки, назначаемые налоговыми органами в отношении налогоплательщиков (налоговых агентов) по результатам анализа налоговой отчетности, сведений уполномоченных государственных органов, а также сведений, полученных из официальных и открытых источников информаций, по деятельности налогоплательщиков (налоговых агентов).

Основанием для назначения периодических налоговых проверок на основе оценки степени риска является полугодовой график, утвержденный решением уполномоченного органа.

Срок проведения налоговой проверки не должен превышать 30 рабочих дней с даты вручения предписания.
Срок проведения налоговой проверки может быть продлен:
Для юридических лиц, не имеющих структурных подразделений, индивидуальных предпринимателей и нерезидентов, осуществляющих деятельность через постоянные учреждения при наличии не более одного места нахождения в РК, налоговым органом, назначившим налоговую проверку - до 45 рабочих дней,

вышестоящим органом налоговой службы - до 60 рабочих дней;

Для юридических лиц, имеющих структурные подразделения, и нерезидентов, осуществляющих деятельность через постоянные учреждения при наличии более одного места нахождения в РК, а также для налогоплательщиков, подлежащих мониторингу:
налоговым органом, назначившим налоговую проверку - до 75 рабочих дней;

вышестоящим органом налоговой службы - до 180 рабочих дней.

На основании ст. 147 НК РК - Налоговые органы не менее чем за тридцать календарных дней до начала проведения налоговой проверки, проводимой по особому порядку на основе оценки степени риска, направляют или вручают извещение о проведении налоговой проверки налогоплательщику (налоговому агенту).
Извещение направляется или вручается налогоплательщику по указанному месту в регистрационных данных. Извещение, направленное по почте заказным письмом с уведомлением, считается врученным со дня получения ответа почтовой связи.
В извещении указываются форма налоговой проверки, перечень подлежащих проверке вопросов, предварительный перечень необходимых документов, права и обязанности налогоплательщика, а также другие данные, необходимые для проведения налоговой проверки.
Налоговый орган вправе начать налоговую проверку без извещения налогоплательщика о начале проверки в тех случаях, когда имеется обоснованный риск, что налогоплательщик может скрыть или уничтожить необходимые для проведения проверки документы, связанные с налогообложением, либо имеются другие обстоятельства, делающие проверку невозможной или не позволяющие провести ее в полном объеме.  Налоговый орган осуществляет налоговую проверку, проводимую по особому порядку на основе оценки степени риска, без извещения налогоплательщика (налогового агента) на основании письменного разрешения вышестоящего налогового органа.

• дату и номер регистрации предписания в налоговом органе;
• наименование налогового органа, вынесшего предписание;
• фамилию, имя, отчество (если оно указано в документе, удостоверяющем личность) либо полное наименование налогоплательщика (налогового агента);
• идентификационный номер;
• форма и вид проверки;
• фамилии, имена, отчества (если  оно указано в документе, удостоверяющем личность) проверяющих лиц, а также привлекаемых специалистов;
• срок проведения проверки;
• проверяемый период, за исключением хронометражного обследования.

На основании одного предписания может проводиться только одна налоговая проверка за исключением тематических проверок по вопросам:

• постановки на регистрационный учет в налоговых органах;
• наличия контрольно-кассовых машин;
• наличия оборудования (устройства), предназначенного для осуществления платежей с использованием платежных карточек;
• наличия и подлинности акцизных и учетно-контрольных марок, наличия и подлинности сопроводительных накладных на алкогольную продукцию, нефтепродукты и биотопливо, наличия лицензии;
• наличия товарно-транспортных накладных на импортируемые товары и соответствия наименования товаров сведениям, указанным в товарно-транспортных накладных, при проверке автотранспортных средств на постах транспортного контроля или дорожной полиции.

Началом проведения налоговой проверки считается дата вручения налогоплательщику предписания или дата составления акта об отказе налогоплательщика в подписи на предписании.
При проведении тематических проверок по вопросам: постановки на регистрационный учет в налоговых органах; наличия ККМ; наличия оборудования (устройства), предназначенного для осуществления платежей с использованием платежных карточек; наличия и подлинности акцизных и учетно-контрольных марок, наличия и подлинности сопроводительных накладных на алкогольную продукцию, нефтепродукты и биотопливо, наличия лицензии, налогоплательщику или его работнику, осуществляющему реализацию товаров и оказывающему услуги, предъявляется подлинник предписания для ознакомления и вручается его копия. В подлиннике ставится подпись налогоплательщика или его работника, осуществляющего реализацию товаров и оказывающего услуги, об ознакомлении с предписанием и получении копии, дата и время получения копии предписания.
В случае отказа налогоплательщика в подписи на экземпляре предписания органа налоговой службы работником органа налоговой службы, проводящим проверку, составляется акт об отказе в подписи с привлечением понятых. При этом в акте об отказе в подписи указываются: 
Место и дата составления.
Фамилия, имя и отчество (если оно указано в документе, удостоверяющем личность) должностного лица налогового органа, составившего акт.
Фамилия, имя и отчество (если оно указано в документе, удостоверяющем личность), номер удостоверения личности, адрес места жительства привлеченных понятых.
Номер, дата предписания, наименование налогоплательщика (налогового агента), его идентификационный номер.
Обстоятельства отказа в подписи на экземпляре предписания.
Отказ налогоплательщика (налогового агента) от получения предписания о проведении налоговой проверки не является основанием для отмены налоговой проверки.
Отказ налогоплательщика в подписи на экземпляре предписания органа налоговой службы означает недопуск должностных лиц органов налоговой службы к налоговой проверке.
Налогоплательщик обязан допустить должностных лиц налоговой службы, на территорию и в помещения (кроме жилых помещений), используемые для извлечения доходов, либо на объекты налогообложения и объекты, связанные с налогообложением, для обследования.
Должностные лица налогового органа должны иметь при себе специальные допуски, если для допуска на территорию и/или в помещение налогоплательщика в соответствии с законодательными актами РК они необходимы.
Налогоплательщик имеет право не допускать на территорию или в помещение для проведения налоговой проверки должностных лиц налоговой службы в случаях, если:
предписание не оформлено в установленном порядке;
сроки проверки, указанные в предписании, не наступили или истекли;
данные лица не указаны в предписании;
должностные лица органа налоговой службы не имеют при себе специальные допуски, необходимые для допуска на территорию или в помещение налогоплательщика в соответствии с законодательными актами РК.

Согласно Ст.150 НК РК- Стандартный файл проверки представляет собой данные бухгалтерского учета налогоплательщика (налогового агента) в электронном формате, позволяющем осуществлять анализ посредством информационных систем налоговых органов.

Налогоплательщик (налоговый агент) представляет стандартный файл проверки добровольно посредством загрузки такого файла, удостоверенного электронной цифровой подписью налогоплательщика, в информационную систему налоговых органов.
2. Налоговая проверка осуществляется, в том числе с применением стандартного файла проверки, в случае предоставления стандартного файла проверки налогоплательщиком (налоговым агентом):
при проведении налоговой проверки, проводимой по особому порядку на основе оценки степени риска, – в течение пяти календарных дней со дня вручения предписания;
при проведении внеплановой налоговой проверки – в течение десяти календарных дней со дня вручения предписания.
Форма стандартного файла и порядок его составления утверждаются уполномоченным органом.

До составления акта налоговой проверки, должностным лицом налогового органа налогоплательщику вручается предварительный акт налоговой проверки.
Под предварительным актом налоговой проверки понимается документ о предварительных результатах налоговой проверки, составленный проверяющим в соответствии с налоговым законодательством РК.
При этом налогоплательщик вправе предоставить письменное возражение к предварительному акту налоговой проверки.
Категории налогоплательщиков, в отношении которых применяются положения настоящей статьи, а также порядок и сроки вручения налогоплательщику предварительного акта налоговой проверки, предоставления письменного возражения к предварительному акту налоговой проверки, а также рассмотрения такого возражения утверждаются уполномоченным органом ст. 157 НК РК .

Согласно ст. 158 НК РК- По завершении налоговой проверки должностным лицом налогового органа составляется акт налоговой проверки с указанием:
места проведения налоговой проверки, даты составления акта;
вида и формы проверки;
должностей, фамилий, имен, отчеств (если оно указано в документе, удостоверяющем личность) должностных лиц налогового органа, проводивших налоговую проверку;
наименования налогового органа;
фамилии, имени, отчества (если оно указано в документе, удостоверяющем личность) либо полного наименования налогоплательщика (налогового агента);
места нахождения, банковских реквизитов налогоплательщика (налогового агента), а также его идентификационного номера;
фамилий, имен, отчеств (если оно указано в документе, удостоверяющем личность) руководителя и должностных лиц налогоплательщика (налогового агента), ответственных за ведение налоговой и бухгалтерской отчетности и уплату налогов и других обязательных платежей в бюджет;
сведений о предыдущей документальной проверке и принятых мер по устранению ранее выявленных нарушений налогового законодательства Республики Казахстан (при проведении комплексных, тематических проверок);
проверяемого периода и общих сведений о документах, представленных налогоплательщиком (налоговым агентом) для проведения проверки;
подробного описания налогового нарушения со ссылкой на соответствующую норму налогового законодательства Республики Казахстан;
результатов проверки.
Завершением срока налоговой проверки считается день вручения налогоплательщику акта налоговой проверки.
При получении акта налоговой проверки налогоплательщик обязан поставить подпись о его получении на экземпляре акта налоговой проверки органов налоговой службы.
При невозможности вручения акта налогоплательщику в связи с отсутствием налогоплательщика по месту нахождения, проводится налоговое обследование с привлечением понятых в порядке, установленном Налоговым кодексом. При этом датой завершения налоговой проверки является дата составления акта налогового обследования.
В случае, если по завершении налоговой проверки не установлены нарушения налогового законодательства РК, об этом в акте налоговой проверки делается соответствующая запись. К акту налоговой проверки прилагаются необходимые копии документов, расчеты, произведенные должностным лицом органа налоговой службы, и другие материалы.

На основании ст. 279 п. 1 КоАП - Неудержание или неполное удержание налоговым агентом сумм налогов, подлежащих удержанию и (или) перечислению в бюджет, в срок, установленный налоговым законодательством Республики Казахстан, – влечет штраф на частных нотариусов, частных судебных исполнителей, адвокатов, на субъектов малого предпринимательства или некоммерческие организации в размере 20%, на субъектов среднего предпринимательства – в размере 30%, на субъектов крупного предпринимательства – в размере 50 % от неудержанной суммы налогов и других обязательных платежей. 

Согласно ст. 117 НК РК начисляется Пеня на не уплаченную в срок сумму налогов и платежей в бюджет.