Превышение суммы налога на добавленную стоимость , относимого в зачет, над суммой начисленного налога, сложившееся по декларации нарастающим итогом на конец отчетного налогового периода (далее – превышение налога на добавленную стоимость), зачитывается в счет предстоящих платежей по налогу на добавленную стоимость.
Превышение налога на добавленную стоимость не зачитывается в счет уплаты налога на добавленную стоимость по импортируемым товарам и (или) при приобретении работ, услуг от нерезидента.

Согласно ст. 104 Налогового кодекса РК - Возврат суммы превышения налога на добавленную стоимость по требованию плательщика налога на добавленную стоимость о возврате суммы превышения налога на добавленную стоимость, указанному в декларации по НДС в соответствии со статьями 431, 432 и 434 настоящего Кодекса, производится на основании представленного налогового заявления путем проведения зачета, предусмотренного статьей 102 настоящего Кодекса, и (или) перечисления на банковский счет налогоплательщика.

2. Сумма превышения налога на добавленную стоимость, подлежащая возврату в соответствии со статьями 429, 431, 432 и 434 настоящего Кодекса, не должна превышать сумму превышения по НДС на лицевом счете по налогу на добавленную стоимость на дату составления налоговым органом платежного документа на возврат суммы превышения налога на добавленную стоимость.

3. Возврат суммы превышения по НДС производится по месту нахождения налогоплательщика на его банковский счет в течение предусмотренного настоящим Кодексом срока возврата суммы превышения по налогу на добавленную стоимость при отсутствии налоговой задолженности.

При наличии налоговой задолженности налоговый орган производит зачет превышения по НДС в счет погашения имеющейся налоговой задолженности, в том числе налоговой задолженности структурных подразделений юридических лиц, без представления налогового заявления на зачет.

Возврату подлежит остаток суммы превышения по налогу на добавленную стоимость после проведения зачета, предусмотренного настоящим пунктом.

4. При нарушении налоговым органом срока проведения возврата суммы превышения налога на добавленную стоимость на такую сумму превышения, возврат которой произведен с нарушением срока, за каждый день просрочки налоговый орган начисляет в пользу налогоплательщика пеню. Пеня начисляется в размере 1,25-кратной базовой ставки Национального Банка Республики Казахстан на каждый день просрочки, начиная со дня, следующего за окончанием срока возврата, включая день возврата.

5. Начисленная в пользу налогоплательщика сумма пени подлежит перечислению на банковский счет налогоплательщика в день возврата суммы превышения налога на добавленную стоимость за счет поступлений в бюджет по соответствующему коду бюджетной классификации.

С 11 апреля 2021 года Приказом Министра финансов Республики Казахстан от 26 марта 2021 года № 254 внесены изменения в приказ Министра финансов Республики Казахстан от 19 марта 2018 года № 391 «Об утверждении Правил возврата превышения налога на добавленную стоимость».