Согласно п. 1 ст. 407 Налогового кодекса РК, плательщик налога на добавленную стоимость, кроме указанного в пункте 3 настоящей статьи, определяет сумму налога на добавленную стоимость, разрешенного к отнесению в зачет, одним из следующих методов:

пропорциональным методом;

через ведение раздельного учета сумм налога на добавленную стоимость по товарам, работам, услугам, которые используются или будут использоваться для целей облагаемого и необлагаемого оборотов.

На основании ст. 409 - Порядок определения сумм налога на добавленную стоимость, разрешенного к отнесению в зачет, через ведение раздельного учета

1. При определении суммы налога на добавленную стоимость, разрешенного к отнесению в зачет, через ведение раздельного учета плательщик налога на добавленную стоимость ведет раздельный учет сумм налога на добавленную стоимость по полученным товарам, работам, услугам, используемым для целей облагаемых и необлагаемых оборотов.

По пропорциональному методу в ФНО 300.00 в разделе Зачет по НДС отражается все приобретение с НДС ТМЗ, работ и услуг для целей облагаемых оборотов, так и для необлагаемых оборотов, затем в строке 300.00.007 указывается доля облагаемого оборота в общем обороте, и в итоге разрешенный НДС к зачету определяется исходя из удельного веса облагаемого оборота в общем обороте. 

По раздельному методу же в ФНО 300.00 в разделе зачет по НДС по раздельному учету отражается только приобретение с НДС ТМЗ, работ и услуг для целей облагаемых оборотов, а для целей необлагаемых оборотов не отражается в 300.00 форме вообще. В итоге разрешенный НДС к зачету состоит только из НДС для целей облагаемых оборотов. 
ТОО самостоятельно выбирает метод отнесения НДС в зачет в начале календарного года, отражает в налоговой учетной политике. 

При раздельном методе налогоплательщик ведет раздельный учет по расходам и НДС по полученным товарам, работам, услугам, используемым для целей облагаемых и необлагаемых оборотов.

При раздельном методе НДС, который может быть принят в зачет, определяется как сумма НДС по товарам, приобретенным для целей облагаемого оборота с величиной НДС по общим оборотам, рассчитанным по удельному весу облагаемого оборота в них.
НДС в зачет = НДС по облагаемому обороту + НДС по общим оборотам (по удельному весу облагаемого оборота в общем).

При определении НДС, относимого в зачет по раздельному методу, плательщик налога на добавленную стоимость ведет раздельный учет по расходам и суммам налога на добавленную стоимость по полученным товарам, работам, услугам, используемым для целей облагаемых и необлагаемых оборотов.
В зачет при раздельном методе налогоплательщик вправе отнести сумму НДС по товарам, работам, услугам, используемым только для целей облагаемого оборота. То есть по освобожденным оборотам сумма НДС не отражается в декларации ф. 300.00, а относится на стоимость приобретения товаров (работ, услуг).

Плательщики налога на добавленную стоимость, использующие раздельный метод отнесения в зачет, при определении суммы налога на добавленную стоимость, подлежащего отнесению в зачет по товарам, работам, услугам, используемым одновременно для целей облагаемых и необлагаемых оборотов, имеют право на применение удельного веса облагаемого оборота в общем обороте.