Тематической проверкой является проверка, проводимая налоговым органом в отношении налогоплательщика (налогового агента), по вопросам:
1) исполнения налогового обязательства по отдельным видам налогов и (или) платежей в бюджет;
2) исполнения налогового обязательства по налогу на добавленную стоимость и (или) акцизу по товарам, импортированным на территорию Республики Казахстан с территории государств-членов Евразийского экономического союза;
3) определения налогового обязательства по действию (действиям) по выписке счета-фактуры, совершение которого (которых) признано судом осуществленным (осуществленными) без фактического выполнения работ, оказания услуг, отгрузки товаров;
3-1) определения налогового обязательства по взаиморасчетам с налогоплательщиком (налогоплательщиками), в отношении которого (которых) проводится досудебное расследование по факту совершения действий по выписке счета-фактуры без фактического выполнения работ, оказания услуг, отгрузки товаров;
4) определения взаиморасчетов между налогоплательщиком и его дебиторами;
5) правомерности применения положений международных договоров (соглашений);
6) подтверждения достоверности сумм превышения налога на добавленную стоимость, в том числе предъявленных к возврату;
7) подтверждения предъявленного нерезидентом к возврату подоходного налога из бюджета в связи с применением положений международного договора, регулирующего вопросы избежания двойного налогообложения и предотвращения уклонения от уплаты налогов;
8) изложенным в обращении нерезидента, о повторном рассмотрении налогового заявления на возврат подоходного налога из бюджета в связи с применением положений международного договора, регулирующего вопросы избежания двойного налогообложения и предотвращения уклонения от уплаты налогов;
9) неисполнения налогоплательщиком (налоговым агентом) уведомления налоговых органов об устранении нарушений, выявленных по результатам камерального контроля, в порядке, определенном статьей 96 настоящего Кодекса;
10) исполнения требований, предусмотренных статьей 29 настоящего Кодекса;
11) изложенным в жалобе налогоплательщика (налогового агента) на уведомление о результатах проверки;
12) постановки на регистрационный учет в налоговых органах;
13) наличия контрольно-кассовых машин или трехкомпонентной интегрированной системы;
14) наличия оборудования (устройства), предназначенного для осуществления платежей с использованием платежных карточек;
15) наличия сопроводительных накладных на товары и соответствия наименования, количества (объема) товаров сведениям, указанным в сопроводительных накладных на товары:
при перемещении, реализации и (или) отгрузке товаров по территории Республики Казахстан, в том числе осуществляемых международными автомобильными перевозками между государствами-членами Евразийского экономического союза;
при ввозе товаров на территорию Республики Казахстан с территории государств, не являющихся членами Евразийского экономического союза, и государств-членов Евразийского экономического союза;
при вывозе товаров с территории Республики Казахстан на территорию государств, не являющихся членами Евразийского экономического союза, и государств-членов Евразийского экономического союза;
16) наличия документов, предусмотренных нормативными правовыми актами Республики Казахстан, принятыми в реализацию международных договоров, ратифицированных Республикой Казахстан, при вывозе товаров с территории Республики Казахстан на территорию государств-членов Евразийского экономического союза и соответствия товаров сведениям, указанным в документах;
17) наличия и подлинности акцизных и учетно-контрольных марок, наличия лицензии;
18) наличия товарно-транспортных накладных на импортируемые товары и соответствия наименования товаров сведениям, указанным в товарно-транспортных накладных, при проверке автотранспортных средств на постах транспортного контроля или дорожной полиции;
19) соблюдения порядка применения контрольно-кассовых машин;
20) соблюдения законодательства Республики Казахстан о разрешениях и уведомлениях и условий производства, хранения и реализации отдельных видов подакцизных товаров;
21) исполнения распоряжения, вынесенного налоговым органом, о приостановлении расходных операций по кассе;
22) соблюдения порядка выписки счетов-фактур в электронной форме;
23) подтверждения наличия остатков товаров, включенных в перечень товаров, к которым применяются пониженные ставки таможенных пошлин в связи с присоединением Республики Казахстан к Всемирной торговой организации;
24) неисполнения решения в рамках мониторинга крупных налогоплательщиков;
25) наличия и подлинности на товаре средства идентификации по товарам, подлежащим обязательной маркировке в соответствии с международными договорами и (или) законодательством Республики Казахстан.

2. Решение о проведении хронометражного обследования выносится налоговым органом по месту нахождения, указанному в регистрационных данных налогоплательщика, и (или) по месту нахождения объекта налогообложения и (или) объекта, связанного с налогообложением, в порядке, определяемом уполномоченным органом.

Внеплановыми налоговыми проверками являются проверки, не указанные в пункте 2 настоящей статьи, в том числе осуществляемые:
1) по налоговому заявлению или по жалобе самого налогоплательщика (налогового агента), в том числе:
в связи с реорганизацией путем разделения или ликвидацией юридического лица-резидента, структурного подразделения юридического лица-нерезидента;
в связи с прекращением юридическим лицом-нерезидентом деятельности в Республике Казахстан, осуществляемой через постоянное учреждение;
в связи с прекращением деятельности индивидуального предпринимателя;
в связи со снятием с регистрационного учета по налогу на добавленную стоимость;
в связи с жалобой налогоплательщика (налогового агента) на уведомление о результатах проверки;