Налоговой проверкой является проверка, осуществляемая налоговым органом, исполнения норм налогового законодательства Республики Казахстан, а также иного законодательства Республики Казахстан, контроль за исполнением которого возложен на налоговые органы, за исключением исполнения налогового обязательства по плате за эмиссии в окружающую среду (кроме налогового обязательства по плате за эмиссии в окружающую среду за выбросы загрязняющих веществ от передвижных источников). Налоговые проверки осуществляются исключительно налоговыми органами.

Согласно ст. 147 НК РК налоговые органы не менее чем за тридцать календарных дней до начала проведения выборочной комплексной и (или) выборочной тематической проверки направляют или вручают извещение о проведении выборочной налоговой проверки налогоплательщику (налоговому агенту) по форме, установленной уполномоченным органом, если иное не установлено настоящей статьей.
Извещение направляется или вручается налогоплательщику (налоговому агенту) по месту нахождения, указанному в регистрационных данных.
Извещение, направленное по почте заказным письмом с уведомлением, считается врученным со дня получения ответа почтовой или иной организации связи.
В случае отсутствия налогоплательщика (налогового агента) по месту нахождения, указанному в регистрационных данных, проведение выборочной комплексной и (или) выборочной тематической проверки осуществляется без извещения.

В извещении указываются форма налоговой проверки, перечень подлежащих проверке вопросов, предварительный перечень необходимых документов, права и обязанности налогоплательщика (налогового агента) при проведении налоговой проверки, а также другие данные, необходимые для проведения налоговой проверки. Налоговый орган вправе начать налоговую проверку без извещения налогоплательщика (налогового агента) о начале проверки в тех случаях, когда имеется обоснованный риск, что налогоплательщик может скрыть или уничтожить необходимые для проведения проверки документы, связанные с налогообложением, либо имеются другие обстоятельства, делающие проверку невозможной или не позволяющие провести ее в полном объеме.

Уполномоченный орган при рассмотрении жалобы налогоплательщика (налогового агента) в случае необходимости вправе назначить тематическую проверку.
Документ о назначении тематической проверки оформляется в письменной форме с указанием вопросов, подлежащих проверке.
При этом проведение тематической проверки не может быть поручено налоговому органу, проводившему налоговую проверку, результаты которой обжалуются, за исключением случая, когда обжалуемая налоговая проверка была проведена уполномоченным налоговым органом.
Тематическая проверка проводится в порядке и сроки, которые установлены настоящим Кодексом. При этом тематическая проверка должна быть начата не позднее десяти рабочих дней с даты получения налоговым органом документа о проведении такой проверки.
При недостаточной ясности или полноте данных, а также возникновении новых вопросов в отношении ранее проверенных в ходе тематической проверки обстоятельств и документов уполномоченный орган вправе назначить ее повторно.

Тематической проверкой является проверка,  проводимая налоговым органом в отношении налогоплательщика (налогового агента), по вопросам:
1) исполнения налогового обязательства по отдельным видам налогов и (или) платежей в бюджет;
2) исполнения налогового обязательства по НДС и (или) акцизу по товарам, импортированным на территорию РК с территории государств-членов ЕАЭС;
3) определения налогового обязательства по действию (действиям) по выписке счета-фактуры, совершение которого (которых) признано судом осуществленным (осуществленными) без фактического выполнения работ, оказания услуг, отгрузки товаров;
3-1) определения налогового обязательства по взаиморасчетам с налогоплательщиком (налогоплательщиками), в отношении которого (которых) проводится досудебное расследование по факту совершения действий по выписке счета-фактуры без фактического выполнения работ, оказания услуг, отгрузки товаров;
4) определения взаиморасчетов между налогоплательщиком и его дебиторами;
5) правомерности применения положений международных договоров (соглашений);
6) подтверждения достоверности сумм превышения налога на добавленную стоимость, в том числе предъявленных к возврату;
7) подтверждения предъявленного нерезидентом к возврату подоходного налога из бюджета в связи с применением положений международного договора, регулирующего вопросы избежания двойного налогообложения и предотвращения уклонения от уплаты налогов;
8) изложенным в обращении нерезидента, о повторном рассмотрении налогового заявления на возврат подоходного налога из бюджета в связи с применением положений международного договора, регулирующего вопросы избежания двойного налогообложения и предотвращения уклонения от уплаты налогов;
9) неисполнения налогоплательщиком (налоговым агентом) уведомления налоговых органов об устранении нарушений, выявленных по результатам камерального контроля, в порядке, определенном статьей 96 настоящего Кодекса;
10) исполнения требований, предусмотренных статьей 29 настоящего Кодекса;
11) изложенным в жалобе налогоплательщика (налогового агента) на уведомление о результатах проверки;
12) постановки на регистрационный учет в налоговых органах;
13) наличия ККМ или трехкомпонентной интегрированной системы;
14) наличия оборудования (устройства), предназначенного для осуществления платежей с использованием платежных карточек;
15) наличия СНТ и соответствия наименования, количества (объема) товаров сведениям, указанным в СНТ:
при перемещении, реализации и (или) отгрузке товаров по территории РК, в том числе осуществляемых международными автомобильными перевозками между государствами-членами ЕАЭС;
при ввозе товаров на территорию РК с территории государств, не являющихся членами ЕАЭС, и государств-членов ЕАЭС;
при вывозе товаров с территории РК на территорию государств, не являющихся членами ЕАЭС, и государств-членов ЕАЭС;
16) наличия документов, предусмотренных нормативными правовыми актами Республики Казахстан, принятыми в реализацию международных договоров, ратифицированных Республикой Казахстан, при вывозе товаров с территории РК на территорию государств-членов ЕАЭС и соответствия товаров сведениям, указанным в документах;
17) наличия и подлинности акцизных и учетно-контрольных марок, наличия лицензии;
18) наличия товарно-транспортных накладных на импортируемые товары и соответствия наименования товаров сведениям, указанным в товарно-транспортных накладных, при проверке автотранспортных средств на постах транспортного контроля или дорожной полиции;
19) соблюдения порядка применения контрольно-кассовых машин;
20) соблюдения законодательства РК о разрешениях и уведомлениях и условий производства, хранения и реализации отдельных видов подакцизных товаров;
21) исполнения распоряжения, вынесенного налоговым органом, о приостановлении расходных операций по кассе;
22) соблюдения порядка выписки счетов-фактур в электронной форме;
23) подтверждения наличия остатков товаров, включенных в перечень товаров, к которым применяются пониженные ставки таможенных пошлин в связи с присоединением Республики Казахстан к Всемирной торговой организации;
24) неисполнения решения в рамках мониторинга крупных налогоплательщиков;
25) наличия и подлинности на товаре средства идентификации по товарам, подлежащим обязательной маркировке в соответствии с международными договорами и (или) законодательством РК.

Тематическая проверка может также проводиться по следующим вопросам:

Срок проведения налоговой проверки не должен превышать 30 рабочих дней с даты вручения предписания.
Срок проведения налоговой проверки может быть продлен:
- для юридических лиц, не имеющих структурных подразделений, индивидуальных предпринимателей и нерезидентов, осуществляющих деятельность через постоянные учреждения при наличии не более одного места нахождения в РК,
налоговым органом, назначившим налоговую проверку, - до 45 рабочих дней; вышестоящим органом налоговой службы - до 60 рабочих дней;
- для юридических лиц, имеющих структурные подразделения, и нерезидентов, осуществляющих деятельность через постоянные учреждения при наличии более одного места нахождения в РК, а также для крупных налогоплательщиков, подлежащих мониторингу:
налоговым органом, назначившим налоговую проверку, - до 75 рабочих дней;
вышестоящим органом налоговой службы - до 180 рабочих дней.

Согласно п. 2 ст. 156 НК РК, налогоплательщик (налоговый агент) при проведении налоговых проверок обязан:
1) представлять по требованию должностных лиц налогового органа в установленные сроки документы и сведения на бумажном носителе, а при необходимости также на электронном носителе;
2) представлять учетную документацию, составленную налогоплательщиком (налоговым агентом) в соответствии с главой 23 настоящего Кодекса;
3) обеспечить беспрепятственный доступ должностным лицам налогового органа, проводящим налоговую проверку, и должностным лицам, привлекаемым для участия в проведении такой проверки, на территорию и (или) в помещение проверяемого лица и предоставить им рабочее место;
4) обеспечить проведение инвентаризации в ходе налоговых проверок;
5) давать по требованию должностных лиц налогового органа, проводящих налоговую проверку, письменные и устные пояснения по вопросам деятельности налогоплательщика (налогового агента);
6) предоставлять доступ к просмотру данных программного обеспечения и (или) информационной системы, указанных в подпункте 6) пункта 1 ст. 156 РК РК;
7) исполнять иные обязанности, предусмотренные законодательством Республики Казахстан.
Налоговые органы вправе требовать предоставление налогоплательщиком права доступа к просмотру информационной базы 1 С.
Налоговые органы вправе затребовать документацию, имеющую информацию по проводимой налоговой проверке, а налогоплательщик обязан такую документацию по запросу налогового органа предоставить.
При передаче первичных документов проверяющим необходимо составлять акт приемки-передачи документов.

Согласно ст. 161 НК РК,  если в ходе проведения налоговой проверки налогоплательщиком (налоговым агентом) не представлены все или часть документов, необходимых для определения объектов налогообложения и (или) объектов, связанных с налогообложением, налогоплательщику (налоговому агенту) в обязательном порядке вручается требование налогового органа о представлении или восстановлении указанных документов, а также извещение о приостановлении налоговой проверки.
Требование налогового органа подлежит исполнению в течение тридцати рабочих дней со дня, следующего за днем вручения требования налогоплательщику (налоговому агенту).
Налогоплательщик (налоговый агент), не представивший по требованию налогового органа документы, необходимые для определения объектов налогообложения и (или) объектов, связанных с налогообложением, обязан письменно объяснить причины непредставления указанных документов.

Правила назначения тематических и встречных проверок и вынесения решения о проведении хронометражного обследования. Приказ Министра финансов Республики Казахстан от 15 февраля 2018 года № 197.