Комплексной проверкой является проверка, проводимая налоговым органом в отношении налогоплательщика (налогового агента), по вопросам исполнения налогового обязательства по всем видам налогов, платежей в бюджет и социальных платежей.

2. В комплексную проверку могут быть включены вопросы тематических проверок, в том числе вопросы:

• исполнения банками и организациями, осуществляющими отдельные виды банковских операций, обязанностей, установленных настоящим Кодексом, а также законами Республики Казахстан ""Об обязательном социальном страховании"", ""О пенсионном обеспечении в Республике Казахстан"" и ""Об обязательном социальном медицинском страховании"";
• правомерности применения положений международных договоров (соглашений);
• трансфертного ценообразования;
• государственного регулирования производства и оборота отдельных видов подакцизных товаров, а также оборота авиационного топлива, биотоплива, мазута;
• иные вопросы по соблюдению законодательства Республики Казахстан, контроль за исполнением, которого возложен на налоговые органы."

При снятии с учетной регистрации структурного подразделения юридического лица-резидента комплексная проверка не проводится, за исключением случаев представления налогоплательщиком заявления на проведение такой проверки.

Срок проведения комплексной или тематической проверки, с учетом сроков продления или приостановления, если иное не установлено пунктами 5 и 7 настоящей статьи, не должен превышать:

1) для юридических лиц, не имеющих структурных подразделений, индивидуальных предпринимателей и нерезидентов, осуществляющих деятельность через постоянные учреждения при наличии не более одного места нахождения в Республике Казахстан, за исключением случаев, указанных в подпункте 2) настоящего пункта, – шестьдесят рабочих дней;

2) для юридических лиц, имеющих структурные подразделения, и нерезидентов, осуществляющих деятельность через постоянные учреждения при наличии более одного места нахождения в Республике Казахстан, а также для налогоплательщиков, подлежащих налоговому мониторингу, – сто восемьдесят рабочих дней.